ตราสัญลักษณ์ประจำมหาวิทยาลัยพะเยา มีลักษณะเป็นรูปสัตภัณฑ์สีขาว บนพื้นหลังรูปศิลาจารึกยอดกลีบบัวสีม่วง เหนืออักษรย่อ “มพ” สีม่วง ซึ่งเป็นตัวอักษรฝักขามล้านนา ด้านล่างของอักษรย่อ มีชื่อมหาวิทยาลัยพะเยาสีม่วง และชื่อ ภาษาอังกฤษ UNIVERSITY OF PHAYAO สีขาว บนพื้นแถบโค้งสีทอง

     สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี โปรดเกล้า ฯ พระราชทานนามพระพุทธรูปนาคปรก ประดิษฐานพระนามาภิไธย ส.ธ. พระพุทธรูปประจำมหาวิทยาลัยพะเยา ว่า "พระพุทธภุชคารักษ์" หมายถึง พระพุทธรูปที่มีพญานาคคุ้มครองรักษา ซึ่งมหาวิทยาลัยพะเยาได้จัดสร้างขึ้นเพื่อเฉลิมพระเกียรติ สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี เนื่องในโอกาสทรงเจริญพระชนมายุ 60 พรรษา เมื่อวันที่ 2 เมษายน 2558

     พระพุทธภุชคารักษ์ พระพุทธรูปประจำมหาวิทยาลัยพะเยา พระพุทธรูปปางนาคปรกประดิษฐานพระนามาภิไธย ส.ธ. ที่ขนดด้านหน้า เป็นพระพุทธรูปประจำมหาวิทยาลัย เพื่อเป็นศูนย์รวมจิตใจ และเป็นที่เคารพสักการะของผู้บริหาร คณาจารย์บุคลากร นิสิต ตลอดจนประชาชนทั่วไป องค์พระ มีขนาดความสูง 18.30 เมตร หน้าตักกว้าง 9 เมตร จำลองแบบมาจากพระพุทธรูปนาคปรกแห่งเมืองครหิที่สร้างในราวพุทธศตวรรษที่ 18 พระหัตถ์ทั้งสองวางในลักษณะปางมารวิชัยที่ด้านหน้าพระเมาลีมีรูปคล้ายใบโพธิ์ติดอยู่สังฆาฏิพาดบนพระอังสาซ้ายพันทบกันเป็นริ้วๆ ประดิษฐานบนเนินเขา ด้านหลังอาคารหอประชุมพญางำเมือง

     พระบรมราชานุสาวรีย์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช สร้างขึ้นเพื่อเป็นศูนย์รวมจิตใจ และเป็นที่เคารพสักการะ ของผู้บริหาร คณาจารย์ บุคลากร นิสิต และประชาชนทั่วไป โดยพระบรมราชานุสาวรีย์ฯ แห่งนี้ ได้จำลองรูปแบบมาจาก พระบรมรูปสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ประดิษฐาน ณ มหาวิทยาลัยนเรศวร จังหวัดพิษณุโลก มีขนาดใหญ่ เป็น 2 เท่าครึ่งของพระองค์จริง ความสูง 4.40 เมตร มีพระราชอิริยาบถทรงหลั่งทักษิโณทกจากสุวรรณภิงคาร เพื่อประกาสอิสรภาพ ที่เมืองแครง ในเขตแดนเมียนมา โดยเน้น ความสง่างาม ลักษณะที่เข้มแข็ง และการทรงไว้ซึ่งการมีพระราชอำนาจ

     ในอดีตวัดล้านนามักมีสัตภัณฑ์หรือเชิงเทียนจุดเทียน 7 เล่มเพื่อ ถวายเป็นพุทธบูชาตั้งไว้หน้าพระประธานในวิหาร ลักษณะของสัตภัณฑ์สะท้อนความเชื่อของคนล้านนาเรื่องของความสัมพันธ์ระหว่างโลกกับจักรวาล และเรื่องหลักธรรมทางพุทธศาสนาที่เกี่ยวข้องกับหมายเลข 7 แต่ในยุคต่อมา สัตภัณฑ์ได้หายไป จนทำให้คนล้านนาแทบไม่รู้จัก มหาวิทยาลัยพะเยาในฐานะเป็นมหาวิทยาลัยเพื่อชุมชนจึงมีโครงการรื้่อฟื้นและสืบค้นคุณค่าศิลปะเพื่อมอบคืนให้กับวัด 4 แห่งในชุมชน วัดพระธาตุขุนน้ำห้วยสวด วัดหนองร่มเย็น อำเภอเชียงคำ วัดบ้านโซ้ วัดแม่ใส อำเภอเมืองพะเยาและนำรูปแบบของสัตภัณฑ์ไปเป็นส่วนหนึ่งของตราสัญลักษณ์มหาวิทยาลัย เพื่อรักษารากเหง้าทางวัฒนธรรมไว้ให้เป็นความภาคภูมิใจของคนล้านนาสืบต่อไป

     ดอกฟ้ามุ่ยเป็นกล้วยไม้ มีชื่อทางวิทยาศาสตร์ว่า Vanda coerulea Griff. ex Lindle. คือ Orchidaceae เป็น กล้วยไม้ประเภทแวนด้า : ลักษณะความงดงามโดดเด่น ของฟ้ามุ่ยทำให้ถูกยกย่องว่าเป็นกล้วยไม้ป่าที่สวยงามที่สุดชนิดหนึ่งของโลก เนื่องจาก ชื่อ ฟ้ามุ่ย ที่แปลว่า ฟ้าหม่นหมอง นั้น มีที่มาจากความสวยสดงดงามของกลีบดอกสีฟ้าอมม่วง จนทำให้สีของท้องฟ้าแลดูหม่นหมองไปเลยนั่นเอง

     "เปรียบประดุจชื่อเสียงของบัณฑิตมหาวิทยาลัยพะเยา ที่จะเป็นคนดีมีคุณภาพ มีชื่อเสียงขจรขจายไปทั่วโลก"

      ต้นคํามอกหลวง "Gardenia sootepensis” มีชื่อสามัญว่า “Golden Gardenia” เป็นต้นไม้ ประจํามหาวิทยาลัยพะเยาที่พบกระจายอยู่ทั่วไป ในพื้นที่ก่อนการก่อตั้งมหาวิทยาลัยพะเยา มีลักษณะเป็นไม้ยืนต้น มีดอกสีเหลือง และมีกลิ่นหอม
อ่อนๆ ผลิดอกในเดือนเมษายน – พฤษภาคม ของทุกปี

     มหาวิทยาลัยพะเยาได้ทําการศึกษาวิจัยภายใต้โครงการอนุรักษ์พันธุกรรมพืชอันเนื่องมาจาก พระราชดําริสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา ฯ สยามบรมราชกุมารี (อพ.สธ.) ในการสกัดน้ํามันหอมระเหย เพื่อทําน้ําหอมจากดอกคํามอกหลวง
สกัดเพื่อทําสีย้อมธรรมชาติจากต้นและดอก นอกจากนี้ยังส่งเสริมการเพาะเลี้ยงเนื้อเยื่อ เพื่อการอนุรักษ์ต้นคำมอกหลวง และปลูกทดแทนในพื้นที่มหาวิทยาลัย

ชุดครุยแห่งความภูมิใจ คุณค่าภูมิปัญญาท้องถิ่นสู่สากล

     ชุดครุยวิทยฐานะของมหาวิทยาลัยพะเยา เป็นชุดครุยเสื้อคลุมแพรสีดำ ด้านหน้ามีแถบผ้าทอสีม่วงสอดดิ้นทอง มีผ้าคล้องคอแบบใบโพธิ์และหมวก มีดิ้นถักสีประจำคณะ หรือวิทยาลัยติดที่รอบคอ ปล่อยปลายห้อยยาวโดยมีพู่ที่ปลายแถบผ้าทอลาย ไทลื้อประดับบนชุดครุย เรียกว่า “ผ้าทอลายต่ำก้าว” จะเห็นได้ว่าลวดลายที่นำมาประดับบนชุดครุยนั้น มีความเป็นเอกลักษณ์ คือใช้ลวดลายที่มีความเป็นพื้นเมือง ซึ่งแสดงให้เห็นถึงศักดิ์ศรีของวัฒนธรรม พื้นถิ่น ความเป็นเอกลักษณ์ของภูมิปัญญาที่ค่อยๆ พัฒนาจากธรรมชาติ ทั้งวัสดุที่นำมาถักทอ กรรมวิธีในการทอ ตลอดจนลวดลายต่างๆ จากลายพื้นมาเป็นยกดอก ยกลาย โดยกระบวนการผลิตผ้าทอไทลื้อที่นำมาประดับบนชุดครุยของมหาวิทยาลัยพะเยา