มหาวิทยาลัยพะเยา แบ่งส่วนงาน ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยพะเยา พ.ศ. ๒๕๕๓ ดังนี้

๑. สำนักงานสภามหาวิทยาลัย (มาตรา ๗ (๑))

๒. ส่วนงานบริหารมหาวิทยาลัยพะเยา (มาตรา ๗ (๒))

แต่ล่ะส่วนงานประกอบด้วย

๓. ส่วนงานวิชาการ (มาตรา ๗ (๓))

๔. ส่วนงานอื่น (มาตรา ๗ (๔))

๑. สำนักงานสภามหาวิทยาลัย

สำนักงานสภามหาวิทยาลัย